在水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境中的作用穩(wěn)固水體菌藻相平衡：碳是藻類十分重要的營養(yǎng)元素，相當(dāng)于是藻類的骨架。向水體中補(bǔ)充含碳源的物質(zhì)能夠補(bǔ)充有機(jī)碳，穩(wěn)固水體菌藻相平衡，進(jìn)而穩(wěn)定水體的pH。例如很多水產(chǎn)養(yǎng)殖池塘中如果水中缺碳，藻類生長緩慢或者不穩(wěn)定，補(bǔ)充像乙酸鈉這樣的碳源，可以為藻類的生長提供必要的碳元素，促進(jìn)藻類的光合作用，增加水中的溶氧量；同時維持有益微生物在水體中的比例和活性，防止因天氣突變等原因引起水質(zhì)的劇烈變化，起到穩(wěn)定養(yǎng)殖水體生態(tài)環(huán)境的作用。促進(jìn)有益微生物和藻類繁殖：水體中的碳源富含發(fā)酵蛋白、莆田秀嶼同城氨基酸和還原糖時，能有助于促進(jìn)有益藻類和微生物的繁殖生長，穩(wěn)定水色。水產(chǎn)養(yǎng)殖中的藻類可以為養(yǎng)殖生物提供氧氣、莆田秀嶼本地作為食物來源等重要作用，有益微生物則有助于分解水體中的有害物質(zhì)、莆田秀嶼本地調(diào)節(jié)水體生態(tài)環(huán)境等，所以碳源通過促進(jìn)它們的生長對整個養(yǎng)殖環(huán)境產(chǎn)生積極影響，如新生成的有益微生物能夠分解殘餌、莆田秀嶼糞便等，防止水中有機(jī)物的過度積累。

按照能否被微生物快速利用分類快速碳源：來的快，去的也快的碳源，能較快被微生物利用，如葡萄糖、莆田秀嶼當(dāng)?shù)丶t糖、莆田秀嶼同城蜂蜜等。微生物能迅速吸收這些物質(zhì)，進(jìn)行細(xì)胞代謝和生長繁殖活動。緩釋碳源或長效碳源：作用緩慢但持續(xù)時間較長的碳源。像淀粉、莆田秀嶼附近谷物粉、莆田秀嶼當(dāng)?shù)匦∶追鄣却蠓肿佑袡C(jī)物屬于此類。由于一些微生物不能直接利用大分子物質(zhì)，需要先把它們分解成小分子才能被其他微生物利用，這個分解過程消耗能量，所以其作用發(fā)揮相對緩慢.（三）按照生產(chǎn)方式分類發(fā)酵碳源：通過發(fā)酵的方式獲得的碳源。例如利用生物工程原理，對糖類、莆田秀嶼當(dāng)?shù)剞r(nóng)產(chǎn)品廢料等發(fā)酵生產(chǎn)出的生物質(zhì)碳源。普通碳源（或傳統(tǒng)碳源）：包括化學(xué)合成碳源、莆田秀嶼本地提取碳源和純化碳源，如一些化工合成的小分子有機(jī)酸、莆田秀嶼醇類或者直接從自然資源中提取和純化得到的單一有效成分的碳源等。